Den är inte klarlagt om mannen som omkom körde vattenskotern eller om han färdades på den som passagerare.
Enligt larmtjänsten Emergencias 112 Andalucía inträffade kollisionen vid en av fritidshamnens pirer strax före klockan 18.
Vittnen uppger att en person skadades, skriver Diario Sur.
Det är den första dödsolyckan med en vattenskoter i år på Costa del Sol sedan en kvinna omkom i Manilva ifjol och två andra personer miste livet sommaren 2024.